توقيف روزنامه سلام گروهي از دانشجويان دانشگاه تهران را به برپايي تجمعي اعتراض‌آميز در داخل محوطه کوي دانشگاه ترغيب کرد. با وجود اينکه اين تجمع با شعارهاي تندي همراه بود؛ اما در ساعات پاياني شب به آرامي پايان يافت. با‌اين‌حال بامداد روز ۱۸ تير گروهي از نيروهاي لباس‌شخصي با همراهي برخي مأموران، ضمن حمله به کوي دانشگاه، دانشجويان را مورد ضرب و جرح قرار داده، عده‌اي را بازداشت کردند. اين حمله موجي از اعتراضات را در دانشگاه تهران و پس از آن تبريز، ايجاد کرد. ماجرا در روزهاي بعد با خروج دانشجويان از محيط کوي به ناآرامي‌هايي در سطح تهران تبديل شد و در پي ورود گروه‌هاي غيردانشجو به غائله، کار به درگيري کشيد و طبق گزارش‌هاي رسمي دانشجويي به نام عزت ابراهيم‌نژاد در جريان درگيري‌ها کشته شد.
در پي صدور فرمان پيگيري واقعه کوي، کميته‌اي ويژه در شوراي عالي امنيت ملي مأموريت يافت تا ابعاد مختلف اين موضوع را بررسي کند. اعضاي اين کميته شامل ابراهيم رئيسي، رئيس سازمان بازرسي کل کشور، مرتضي رضايي، رئيس سازمان حفاظت اطلاعات سپاه پاسداران انقلاب اسلامي، عباسعلي فراتي، دادستان دادسراي نظامي استان تهران، احمد وحيدي، رئيس اداره اطلاعات سپاه پاسداران انقلاب اسلامي، غلامرضا ظريفيان، نماينده وزير فرهنگ و آموزش عالي، مصطفي تاج‌زاده و غلامحسين بلنديان از معاونان وزارت کشور و جمال شفيعي، نماينده وزارت اطلاعات زير نظر علي ربيعي عضو دبيرخانه شوراي عالي امنيت ملي در محل دبيرخانه مستقر شد تا مجموعه حوادث و عوامل مؤثر در واقعه کوي دانشگاه را در مقطع زماني از 21:30 روز 17 خرداد 78 تا روز جمعه 18 تير همان سال مورد بررسي و تحقيق همه‌جانبه قرار دهد.
خاتمي ۲۲ تير در پايان جلسه کميته ويژه شوراي عالي امنيت ملي کشور براي پيگيري حوادث کوي دانشگاه تهران در گفت‌وگو با خبرنگار صداوسيما گفت: «حادثه کوي دانشگاه فوق‌العاده تلخ بود. البته من نظر خود را پيش‌از‌اين اعلام کرده‌ام. اين حرکت و اهانت به دانشگاه و محيط علم و برخورد خشونت‌آميز با دانشجويان براي همه ما غيرقابل تحمل بود و به اين جهت، بلافاصله کميته ويژه‌اي از طرف دبيرخانه شوراي عالي امنيت ملي تشکيل شد و به تأييد رهبر معظم انقلاب رسيد و کار خود را با جديت ادامه داده و مي‌دهد». او تأکيد کرد که «در برخورد با عوامل اين حادثه جديت دارم و اميدوارم در آينده بتوانم با تفصيل و تحليل بيشتر در‌اين‌باره صحبت کنم. حادثه‌اي که پنجشنبه‌شب رخ داد، بعد از يکي، دو روز، جريان انحرافي در آن پيدا شد و به نظر من اين جريان خير کشور را نمي‌خواهد و هدفش لطمه‌زدن به اصل نظام و ايجاد آشوب و تشنج در جامعه است. خوشبختانه جامعه دانشجويي برائت خود را از اين جريان اعلام کرد؛ زيرا رفتارهاي انجام‌شده با هيچ‌يک از موازين سازگار نيست. علاوه‌بر‌آن مشخص شد که عده‌اي از دستگيرشدگان دانشجو نيستند و قطعا سوء‌استفاده‌اي از اين جريان مي‌شود. اصولا جريان آشوب برخلاف مصالح نظام و ملت و شعار‌ها و سياست‌هاي دولت است. دولتي که شعارش مقابله با هرگونه خشونت و آشوب‌طلبي است. اين جريانات در مقابل دولت و به‌خصوص شعار توسعه سياسي دولت قرار دارد. کارهايي که آشوب‌طلبان انجام مي‌دهند، خيري در آن نيست. بايد در برابر کساني که به اموال عمومي آسيب مي‌رسانند و براي شهروندان مزاحمت ايجاد مي‌کنند، ايستاد. به خاطر سياست‌هاي دولت و مصالح نظام مي‌کوشيم که با اين خشونت‌ها با خشونت برخورد نشود و تلاش مي‌شود که اين اقدام با روش‌هاي قانوني صورت گيرد. ايجاد آشوب و اغتشاش کار دشواري نيست. مي‌خواهيم ياد دهيم که با خشونت نيز مي‌توان بدون خشونت برخورد کرد. مطالبي که مطرح مي‌شود و شعارهاي تحريک‌کننده عليه ارزش‌هاي نظام که همراه با شعارهاي فريب‌دهنده در حمايت از دولت سر داده مي‌شود، براي ايجاد تفرقه و زمينه آشوب در جامعه است. ملت شريف ايران گول نمي‌خورد. من از مردم که اين روز‌ها تا حدودي آرامش‌شان در بعضي از نقاط تهران به هم خورد، معذرت مي‌خواهم و اطمينان مي‌دهم که اين حرکت‌ها ادامه پيدا نکند و از ملت شريف ايران مي‌خواهم که هرچه بيشتر از اين جريانات دور باشند تا دولت راحت‌تر در اين زمينه عمل کند و مطمئن باشند که اين مسئله به لطف خدا خاتمه پيدا خواهد کرد».
فرداي آن روز مقام معظم رهبري در جمع گروهي از دانشجويان درباره واقعه کوي سخنان مهمي را ايراد کردند و با بيان اينکه حمله به محيط‌هاي دانشجويي به نام دفاع از دين و ولايت غلط و محکوم است، تشکيل کميته ويژه تحقيق درباره واقعه کوي را تأييد کردند: «مطلبي که از نظر من مهم‌تر از همه است و ذهن من را مشغول کرده است، حمله به خوابگاه جوانان و دانشجويان است. اين حادثه تلخ، قلب مرا جريحه‌دار کرد. حادثه غيرقابل قبولي در جمهوري اسلامي بود، حمله به منزل و مأوا و مسکن يک جمعي، به‌خصوص در شب يا در هنگام نماز جماعت، به‌هيچ‌وجه در نظام اسلامي قابل قبول نيست. جوانان اين کشور چه دانشجويان و چه غير دانشجويان فرزندان من هستند و هرگونه چيزي که براي اين مجموعه‌ها مايه اضطراب و ناراحتي و اشتباه در فهم باشد، براي من بسيار سخت و سنگين است. هر کسي بوده، فرق نمي‌کند. چه در لباس نيروي انتظامي، چه در غير آن. کساني که در نظام جمهوري اسلامي تخلف مي‌کنند، بايد با آنان برخورد بشود؛ اما کسي که تخلفي نکرده است، کسي که در خانه خود در حال استراحت است، آن هم در محيط جوان دانشجويي، کار بسيار خطا و ناروايي نسبت به او انجام گرفته است. اينکه صد نفر يا دويست نفر از کوي دانشگاه خارج شدند و حرف‌هايي زدند و شعارهايي دادند، بهانه و مجوزي نمي‌شود براي اينکه کساني، در هر لباس و با هر نامي وارد آن محيط بشوند و کارهاي ناروايي انجام بدهند، به‌خصوص وقتي که نام مقدس نيروي انتظامي در ميان مي‌آيد، عملي که موجب بشود نيروي انتظامي بدنام بشود، قضيه سخت‌تر مي‌شود. شما مي‌دانيد که امروز نيروي انتظامي در اطراف کشور، در جاده‌ها، در مرز‌ها، در برخورد با اشرار، چه جان‌فشاني‌هايي مي‌کند و چه زحماتي مي‌کشد، چقدر از اينها براي حفظ امنيت ما، جان خود را از دست مي‌دهند، با‌اين‌حال، به وسيله چند نفر عملي انجام بشود که چهره اين خدمتگزاران در نظر بعضي تيره بشود، آيا اين انصاف است؟ يا آن‌طوري که نقل کرده‌اند، بعضي با آوردن نام مقدس ياحسين و يازهرا وارد اتاق دانشجوي بسيجي يا دانشجوي جانباز بشوند و او را از خواب بيرون بياورند، يا آن‌طور حوادثي را به وجود بياورند. آيا اين درست است؟ اينها قلب را مي‌فشارد، اين‌همه جوان مؤمن، عاشقان امام حسين(ع)، عاشقان فاطمه زهرا(س)، در همه جاي کشور، در خدمت اسلام، در خدمت کشور، در طول دوران دفاع مقدس، در هر خطري که اين کشور را تهديد کند، سينه سپر مي‌کنند و وارد مي‌شوند؛ اما بعد کساني با استفاده از اين نام‌ها حوادثي را به وجود بياورند. براي من، حادثه خيلي تلخي بود. البته من تأکيد کردم که اطراف اين حادثه تحقيق بشود و بروند حادثه را درست بسنجند. قرار شد رئيس‌جمهور محترم و مسئولان هيئت تحقيقي را تعيين کنند، من هم ممکن است خودم کسي را در اين هيئت بگذارم».
